善研极者，欲知其合，先言其分。有天之运气焉、地之运气焉、人之运气焉。天本何历乎?

善研极者，欲知其合，先言其分。有天之运气焉、地之运气焉、人之运气焉。天本何历乎?人以日月星互历之，而天不能违易之象也，差即在其中，而差归于恒合矣。四时亦反常，反常亦不违大常者也。地气不同，温冷各异;人禀不同，所当各异;内外两因，随时感触;太过不及，胜复虚实;亢则害，承乃制。知其所以然、不得不然，讵可胶执乎。虚舟子日“圣人表其恒法，在人深造，自悟其几用耳。”

在这篇文章里，方以智运用方氏易学理论，对五运六气学说做了颇有哲理的阐述，其主要的观点是：

(1)五运六气是普遍性的存在，而它自身则以阴阳(就五运而言，指水火;就六气而言，指燥湿或称之冷热)为统纲，这就为他的“水火交济”的病机学说奠定了理论基础(详见后论);

(2)五运六气与人的生理运动和病理变化密切相关，不但认识经络脏腑脉象运动离不开运气说，就连认识病理、对症用药、施行医治，也不可脱离运气理论，所谓“受中生者，经、络、藏、腑、脉、病、药、治，无非运气”;(3)五运六气学说中的一个理论问题，即《内经》所谓寒暑燥湿风”，何以被后来的医家称为“六气”?方以智认为这是“不言火，莫非火也”，就是说火寓于五气之中故实为六气，这是他的“五六交轮”的易学理论的具体发挥。

所谓“五六交轮”，讲的是一分为二，二在一中;二分为四，五对四为中，即五寓四中;四分则为东西南北四极，而中除了与四极平面的相应外，还成为上与下的立体坐标，于是中又成为六。可见相对四方的实体，中乃是虚，也就是说〝五六若不同一二三四相交相轮，则就无法体现和认识。方以智是一位在哲学上很有造诣的学问家，这就使他的论述，要比刘完素等人的论达透彻得多。

其二，在脉学上，方以智最鲜明的倾向是反对《脉诀》。《脉诀》全名曰《王叔和脉诀》，实乃五代时期高阳生假晋代王极和之名而作。但它流传很广，以至于～《脉诀》出而《脉经》隐(《通雅》•卷五十一)，为了正视听，他还具体地指出了《脉诀》的错误所在：

(1)《脉诀》以大小肠候之上部，限右尺候三焦，与《内经》所论不合(见《物理小识》卷三);

(2)灵枢»叙经脉，有心包络，未提膻中，但它谓心包络“动则喜乐不休”，正与《素同 •灵兰秘典》谓“腔中者，豆使之官，喜乐出焉”相同，则“心包络即为膻中，断无可疑”，况且“膻中以配心藏尤有确据”。然而《脉诀》竟不提及膻中，这显然是将厥阴脉位视为虚位，乃“叛肉经»关”见《通雅》卷五十一);

(3)《脉诀》以左为肾、右为命门，是误以穴名为藏。他指出：“《内经》不言命门之络，既无命门，何以为诊;又非正藏，何以列部”，因此《脉诀》将两肾分别列部，“叛《内经》也甚矣”(《通雅》卷五十一)。在命门问题上，方以智同意虞天民的“两肾总号为命门”(同上)的看法。

方以智在脉学上的另一个倾向是反对陈无择的“三焦”说。三焦〞的实体是个争论未决的问题，不少医家都有论及，唯有徐通、陈无择始创三焦之形说，云“有脂膜如掌大，正与膀胱相对，有二白脉自中出，夹脊而上，贯于脑”(转引自张介宾《类经附翼》)。方以智驳斥了这种观点：“《灵枢》日，上焦如雾，中焦如沤(士材作历)下焦如渎。盖胸为上焦，气之原也;膈为中焦，血之原也;腹为下焦，水之原也。