天地生万物者，五气;五气定位，则五味生；气者，天也。

《素问》所以有胸鬲腹之异候。《灵枢•经脉》日‘手少阳之脉起小指、次指端，循手表腕出臂外，贯肘臑外上肩，人缺盆，布膻中，散落心包下膈，循属三焦’，则非下焦之可得统者。且《难经》云°上部法天，主胸以上，至头之有疾，即上焦之部;中、下两部，即中下两焦，分候明矣。自三因方之好异也，谓三焦有形如膜，附于两肾夹脊。果尔，则《内经》必言之矣，而《灵枢》论心主之脉，又何历络三焦云乎?!”(《通雅》卷五十一)方以智这里引经据典以驳陈氏的观点，未必有说服力，但他关于三焦实体的意见，应该说自成一家之言，值得我们重视。

方以智关于脉络学的看法，当然远不止上达二点，况且这类观点，虽然对丰富祖国医学理论有价值，但毕竟不是难能可贵的创新。而方以智在脉学上的创造性的贡献，照其子方中履所谓“手足十二经循环，六气表里，别详一图，是老父独悟也”来看，体现以六气表里十二经循环。

方以智关于十二经循环图含义的论述，见于《物理小识》卷三《人身类》文日：在渊在寸，手太阴肺也;阳谿在手合骨上，手阳明大肠也;冲阳在跗，足阳明胃也;冲门在腹下前股勾缝，足太阴脾也;阴郄在神门内，手少阴心也;天窗在喉旁，手太阳小肠也;委中在胭宛，足太阳膀胱也;太谿在踝里旁，足少阴肾也;劳宫在掌心，手厥阴心包络也;和膠耳与目之间，手少阳三焦也;悬钟在外廉踝之上，足三阳胆也;太冲在足大指上跌，足厥阴肝也。此以十二经循环言，两太阴肺脾，两阳大肠胃，是湿土燥金相代错以化用也，子随母居，士旺金盛，故太阴为脏，位与阳明隔，而气相合为腑也;两少阴心肾，两太阳小肠膀胱，是君火寒水代错以化用也，火从水化，水随肾至，故少阴为脏，位于太阳隔，而气相合为腑也;两厥阴心包、肝，两少阳三焦胆，是风水相火代错以化用也，相火奇于肝肾，胆者肝之腑、心包者肾之配，故厥阴为脏，位与少阳隔，而气相合为腑也。一少阳，二阳明，三大阳;一厥阴，二少阴，三太阴，故少阳与既阳、阳明与少阴、太阳与太阴，相冲合也;少阳中见厥阴，合矣;阳明与太阴合，太阳与少阴合，则峙合也，阳明中见太阳，言病生于湿士也;厥阴中见少阳，言病乃相火为之，是从中也;心肾小肠膀胱，水火互根，名随见证而治，是从本、从标也。少阳之病，直至相火;太阴之病，直至湿土，是从本曲。

风从火断，则汗之;燥与湿兼，则下之。燥通六腑，湿利小水，皆下世。肝、胆、三(焦)、包(络)、心、小(肠)皆火，脾胃肾脏大(肠)膀( 胱)，皆湿，十二经有约儿焉，张机诊手而复诊趺阳太溪，正谓三阳以胃为主，三阴以肾为主。在上文内，方以智将《内经》“亢害承制”的病机思想，具体地区别为六气的三种代错形式，而每一种代错代用形式，又体现阴阳对立，从而提出“三阳以胃为主，三阴以肾为主”的观点。这一脏腑病机理论，显然是对易学派各家观点加以会通的产物，它克服了易学派医家或强调益胃，或强调益肾的片面性。

其三，方以智的药学理论是深刻的，概括起来，主要有这么几点：首先，强调要识药性：“天地生万物者，五气;五气定位，则五味生。气者，天也;湿热者，天之阳;寒凉者，天之阴;阳则升，阴则降。味者，地也;辛甘者，地之阳;酸苦者，地之阴;阳则浮，阴则沉。其香臭腥臊膻与平淡涩滑毒则附气味以为厚薄者也。气坚则，壮故苦可养;气脉耎则和，故咸可养;脉骨收则强，故酸可养;骨筋散则不李，故辛可养;筋肉缓则不壅，故甘可养肉。辛散也，其行之也横;甘缓也，其行上;苦泄也，其行下;酸收也，其行缩;咸软也，其行舒，故有使气者，有使味者，有气味俱使者，有先后使者。明者知其产、观其色、得其气味，而性可识也;不识其性，又安所讲君臣炮制。”(《通雅》卷五十二)制药须识药性，用药治病也当对药性了如指掌。