想医学上做出贡献 要有会通中西、会通诸家的态度和气魄

方以智于易于医都有著述。他的易学著作有：《易余》《图象几表》八卷、《学易纲宗》《易筹》《鼎薪》。前两种尚存，后三种已失。他的医学著作有：《通雅•卷五十一 •脉考》《通雅 •卷五十二•古方解》;《物理小识 • 卷三 •人身类》《物理小识•卷四 •医要类》《物理小识•卷五•医药类》;《医学会通》(附《明堂图说》);《内经经络》(附医方。按：所附医方同《通雅》卷五十二《古方解》，唯多出“比天膏”一方);《医学》《医集引》《医方大略》《医丹》;《运气约几》《删补本草》《脉参》。后七种只存目，书已供;其他有刻本或手抄本传世。

会通各家，会通中西

方以智丰富的医学知识，不是来自师承，而是在钻研《内经》的基础上，靠广收各家，博取中西获得。他生活的时代，中国医学界，一方面，对金元以来形成的各派各家的学说，聚讼粉红，方以智说：“河问(刘完素)、子和(张从正)、丹溪(朱震亨)、东垣(李呆)立斋(薛己)，今如聚讼。”(《通雅》卷五十二)另一方面，面临着西医的严峻挑战。西方传教士来华，为了在中国布教，也宣传了一些西方近代的自然科学，其中就有医学。这些刚传入的西学，虽然不够系统，但它仍然同中国传统中医学理论与体系尖锐对立。在这样的历史条件下，当时要在医学上做出;贡献，与其说主要靠渊博的知识，毋宁说首先要有会通中西、会通诸家的态度和气魄。方以智恰恰在这一点上，超过了他的同辈。

方以智清醒地认识到，当时争论的各方，“皆知其一端而不知又有一端”(《通雅》卷五十一)，都有片面性，所以他主张对各家学说“合而观之”(物理小识»卷三)。他说：“不必泥前人之常法也。泥常法而不知变，则河间之清火、丹溪之滋阴、东垣之补阳，皆足以为病。”(《通雅》卷五十二)他自己切实遵福了这个原则，做到了扬各家之长，补各家之短。据不完全统计，他对从汉到明末一些主要医家的学说(诸如张仲景、孙思邈、王冰、杨上善 、王宗正、金元四大家及其文衍各家 虞天民、吴澄、陈无择、李时珍、李士材、张介宾、缪仲淳等人)都有所称引。在吸取各家学说的基础上，他又对之加以积极地会通。他指出：“读《伤寒》而不读东垣书，则内伤不明;读东垣书而不读凡溪书，则阴虚不明;读丹溪书而不读薛立斋，则真阴真阳不明。补天要论，其得源矣。”(《物理小识》卷四)方以智对各家的吸取与会通，是以分析为前提的。正因为有科学的分析为依据，他才做到了对所扬者未必没有说斥，对所斥者未必没有说扬。譬如他对朱震亨的滋阴理论有所吸收，但对他坤达这一理论的重要观点“君火相火”论，就表示不能完全同意：“愚者日丹溪言君火以名，相火以位，未畅也。天与火同，火传不知其尽，故五行尊火为君，畜觉发机日相。或以暑为君火，燥火为相火;或以暑燥火为阳火，风寒湿之火为阴火;或以有形为阳火，无形为阴火;或以为识为阳火，不知不识为阴火，有交儿焉，析说不能尽，须自得之。人身命根种火，有北下七节之小心：知识用火，在南上膻中之官城。真气伏于丹田，清浊分于脑府，思虑忧郁过用则伤，而欲焦愤决尤难惩室。五志总归心主，而无原之心，是何物频?吉人种人火，不热者是何道频?其日君火为人火，而相火为天火。若犹太极为体，卦爻为用，而邵子日卦交为体、太极为用也。于是乎决日：天道以阳气为主，人身亦以阳气为主，阳统阴阳，火运水火也。生以火，死以火：病生于火，而养身者亦此火。水火交济，主之者心，火无体而因物为体，人心亦然。”(《物理小识》卷一)方以智以体用理论立论，将君火与相火视为本体与发用的矛盾关系，并进而指出它们处于辩证的过程，因此为天之火未必全是相火，在人之火未必定是君火，这就与朱丹溪的“君火为人火，相火为天火”的观点相异。朱丹溪的滋阴还有一个重要的理论，叫“阳有余，阴不足”(见《格致余论》)。此说后来受到张介宾的猛烈抨击。但方以智指出“丹溪谓阴不足，正谓阴精，非泛指阴血”(《物理小识》卷三)。方以智的这一分析是正确的，较之张介宾的一概否定，无疑是一种科学的态度。