人身三贵论：“热以为生，血以为养，气以为动觉，其在身内，心肝脑为贵，而余待命焉

“药知其故，乃能用之。”他因此提出“因其性而用”的原则：萍不玩水，可以胜湿，独活不摇风，可以治风，因其胜也;麻木而治风，豆水穀而治水…⋯气相克则相制也;熊肉振赢，免肝明视，因其气有余补不足也。(同上)其次，主张根据药性相克制的物性，辨证用药：“人身有上中下，药身应之，如当归、柴胡、防风、黄芩之类是也。有因其相畏而制伏使之者，如牛黄恶龙骨，而龙骨的牛黄更良;黄芪畏防风，而黄芪得防风其功愈大之类是也;有相反者，雌黄胡粉，画家黯妒、甘草甘遂，术家以之动唇之类是也。”(同上)复次，主张根据药物同是“一物而性理相反”的特性，灵活用药：“巴豆能利人，唯其壳能止之，甜瓜蒂能吐人，唯其肉能解之;坐拏能愦人，食其心则醒，楝根皮泄人，枝皮则吐人。營州贡蓝药，即蓝地之首，能杀人;蓝蛐之尾，能解药。”(同上)方以智指出，如果对药性有正确的认识，则就“能反因约类，尽变不难”，做到靠普通的药材达到治病的奇效，并不一定以名贵药材为良方。

方以智在药学上的贡献，还表现在他通过自己的实践，进一步丰富了祖国的药材知识。他对《神农本草经》和集药物学之大成的《本草纲目》都多有纠正。他纠正《本草》关于“反时生”的记载云：“智在粤见有十字竹，冬青夏稿(枯)，叶尖长四布如十字，春于叶中抽四枝，结果三断棱荟有白汁，似泽漆猫儿睛，绿花，而《本草》言五枝抽，谓四分而兼中抽为五，最治虫毒，记以俟考。”(物理小识»卷五)又云：“黄精似姜而一斡对分，叶长尺许，《本草》谓如竹叶，不肖也。(同上)他纠正李时珍的《本草纲日》日：蛋休"一荟直上，七叶国一层，又抽为重楼，亦开出白花，李东壁谓叶如芍药，不似也。大约与鬼芋天南星一类，但此一层七叶，而南星+_叶。”(同上)除外，《通雅》《物理小识》内还记载了《本草》《纲日》未载的药物，诸如止痢的羊奈子(金樱子)治猎梨疮的虎油、治瘴疠风湿的砖硝等。清代乾嘉叶的药物学家赵学敏撰《本草纲目拾遗》，就大量采用了方以智的成果。

值得在这里一提的是，在医疗技术上，方以智对前人的办法也有不少改进。如对张机灌肠术增加了加压手续;对唐代名医王煮《外合秘要》中救吞钩法增加了用蚕茧对食道的保护。方以智对中医医疗技术的改进所做出的贡献，也应该为我们记取。

其四，方以智对中医学的再一个贡献，就是他在我国医学界首先提倡中西医会通。例如他在《内经》“心者君主之官”“肝者将军之官”的基础上，积极吸取西医以“心肝脑”为全身之主的学说，形成了他的“人身三贵”论：“热以为生，血以为养，气以为动觉，其在身内，心肝脑为贵，而余待命焉。”(《物理小识》卷三)他明确地指出，他的这个观点，是对当时传人的西医理论的吸取：“愚者日，此论(即《主制群征》关于心脑肝作用的论述)以肝心脑立论，是《灵》《素》所未发，故存以备引触。”而《物理小识•卷三•身内三贵之论》，正是将中医与西医加以引触的产物。

他还引用了《主制群征》关于骨节的说法，同中医《铜人》骨度相会通：《铜人》骨度，以各人中指一节为才，两乳间九寸半，可验。然此众人之骨度，则出格者有矣。《主制群征》日：首骨自额联手脑，其数八;上额之骨十有二，下则浑骨一焉;齿三十有二，膂三十有四;胸之上有刀骨焉，分为三;肋之骨二十有四。起于膂，上十四环，至胸前直接刀骨，所以护存心肺也;下十较短，不合其前，所以宽髀骨之居也。

诸如此类，不一而足。