太极化生万物，万物又复归于太极，周敦颐语言把太极与万物表述为“是万为一，一实万分”
《通书》原名《易通》，共分四十章，论述了多方面的问题,就其理论特色而言，在于具体落实由太极以立人极的思路，把天道性命之学展开为一个完整的体系。《动静第十六》说：“水阴根阳，火阳根阴。五行阴阳，阴阳太极。四时运行，万物终始。混兮辟兮，其无穷兮。”《理性命第二十二》说：“二气五行，化生万物。五殊二实，二本则一。是万为一，一实万分。万一各正，小大有定。”这两段言论是对《太极图说》的解说，但却扬齐了无极的概念，不再讲有生于无的生成论，而致力于把太极树立为宇宙的本体。所谓“二本则一”此一即指太极。太极化生万物，万物又复归于太极，周敦颐用本体论的语言把太极与万物的这种关系表述为“是万为一，一实万分”。一是本体，万是现象，“一实万分”是从本体到现象，“是万为一”是从现象到本体。理学以太极为本体，而不像玄学那样，以无为本体，这个基本思路首先是由周敦顾确立下来的。王弼把“有生于无”的命题转化为〝以无为本”，企图建立一个本体论的哲学体系。但是，从逻辑上看，究竟“无”是什么，这个问题本身就是一个明显的悖论，是根本无法正面回答的。如果说出它是什么，它就不再是“无”而变成“有”了，如果不说出它是什么，又很难把它确定为整个哲学体系的理论基石。周敦颐大概意识到玄学的这种逻辑困境，所以在《通书》中不讲无极而专讲太极。在周敦颐看来，太极作为宇宙的本体，内在地具有生成的功能，这种生成的功能也就是道教经典《英真君丹诀》所说的“阳阳造化机”，因而“混兮辟兮，其无穷兮”，生生不已，大化流行，当下即呈现为一个化生万物的动态的过程，同时这个过程也呈现为一个富有生意的实在，过程与实在的统一，故万即一，一即万，万是由一自然生成的殊相，一是万之性命的生成的本源,这就是所谓〝万一各正,小大有定”。后来理学家所常说的一些本体论的命题，诸如“一本万殊”“理一分殊”“体用一源”“全体大用”，实际上都是依据周敦颐的这种表述提炼而成的。
如果周敦颐的太极本体仅仅停留于此而不与人极相沟通，仍然属于纯粹的自然主义的范時,蔽于天而不知人，与道家道教划不开界限。最能表现出周敦顾的理学思想特色的，是《通书》中论诚的两章。他说：
诚者，圣人之本。“大哉乾元，万物资始”，诚之源也。“乾道变化，各正性命”，诚斯立焉。纯粹至善者也。故日：“一阴一阳之谓道，继之者善也，成之者性也。”元、亨，诚之通;利、贞，诚之复。大哉《易》也，性命之源乎。(《诚上第一》)圣，诚而已矣。诚,五常之本，百行之源也。静无而动有，至正而明达也。五常百行，非诚，非也，邪暗，塞也。故诚则无事矣。至易而行难。果而确，无难焉。故曰：“一日克己复礼，天下归仁焉。”(《诚下第二》)
可以看出，这两章的基本思路在于采用《易》《庸》互训的方法，论证诚为天道的本质属性，力图沟通天道与性命之间的关系，为儒家的道德本体论确立一个天道自然的哲学基础。诚这个范畴是根据人们的道德实践抽象概括出来的，指的是道德实践中的高度白觉的心理状态，也泛指“诚于中，发形于外”的真实无安的道德品质。《中庸》把诚提升到天人关系的哲学高度进行论证，指出“诚者，天之道也。诚之者，人之道也”。但是，这种论证过于简单，并没有具体回答何以天道具有伦理的属性而以诚为本质的问题，不能令人信服，特别是不能使道家信服。道家认为，“天地不仁”，天道自然无为，根本不具有伦理的属性，因而儒家以诚作为天道本质的说法，也就缺乏客观确实性的根据。这是儒家建立道德本体论所面临的一道理论难题，自汉唐以来，一直未能解决。李翱作《复性书》，试图沿袭《中庸》的思路来解次这道难题，结果归于失败。因为《中庸》所谓的天，并不是指称客观的自然之天，而仅仅是人性本质的外化，虽然提出了“诚者，天之道也”的命题，实际上不过是根据人道的价值理想来塑造天道，反过来又用这个被烟造了的天道作为人道的价值理想的根据，这种循环论证的方法，在逻辑上很难成立。苏轼作《东坡易传》,沿袋道家的恩路，认为天道自然,无善无恶，人性源于天道,故人性的本质亦为无善无恶的自然本性和生理本能。按照这种说法，则把人降低为与禽兽等同的地位，不能解释人的道德价值的源泉，当然也无法为儒家建立一个道德本体论。周敦颐在此两章所贯彻的思路既不同于李翔，也不同于苏轼，而是忠实地继承了《周易》原有的那和储道互补的思路，一方面把天道看作是由一阴一阳所支配的客观外在的自然运行的过程，另一方面又把天道看作是与人性的本质有着内在的联结，“继之者善也”，人之善性源于天道之纯粹至善，这就成功地解决了这道难题,证论了诚也是自然天道的一个本质属性。
《周易》以“一阴一阳之谓道”为“性命之理”，这个性命之理是就天、地、人而言的,天地人物，莫不有阴阳，真不受此性命之理的支配，人作为其中的一个组成部分，是乘属于宇宙之全体的。宇街是一个生生不巴、大化流行的实在，就其生成的全过程而言，表现为元、亨、利、贞四德，元者万物之始，亨者万物之长,利者万物之遂，贞者万物之成。就其内部的机制而言，则以乾健为统率，以坤顺为从属，动而生阳，静而生阴，协调并济，共同构成天人整体的和谐。周敦颐称此和谐而洋溢着莲勒生机的宇宙为“纯粹至善”，也就是诚。诚者，至实而无安，自然而无为，是性命之理的最基本的表现，囊括天人，通贯物我，既是宇宙自然秩序之本，也是人性本质之当然。但是，诚毕竟是一个伦理的范畴，主要用于表述人性的本质,尽管人性的本质源于天道之纯粹至善，为了沟通天人关系，关键却在于一个继字，继之则善，不继则不善。所谓“继之者善也”，是就本源的意义而言的，人若不继承天道之阴阳，就没有本源意义的善。“成之者性也”，是就主体性的原则而言的，人若不主动实现此本源意义的善，就不可能凝成而为性。因此，元、亨为诚之通，利、贞为诚之复，通者善之继也，复者性之成也，乾之四德也具有伦理的价值属性，表现了人性本质生成的全过程。
就本源的意义而言，人无有不善，这是普遍的人性，对于任何人都是适用的。但是就实际的表现而言，则有不同的程度之差。把人性实现得完满无缺的最高典范是圣人，其所以如此，是因为圣人以诚为本，能够全此实理，达到了天人合一的境界,圣即诚，诚即圣，“诚者，圣人之本”，圣,诚而已矣”。因此，诚作为道德的本体，是五常之本，百行之源，五常百行，社会中的一切道德规范和道德行为，如果不以诚为本而为邪暗所塞,那就是根本错误。周敦颐通过这一番论证，为理学的天道性命之学奠定了一个坚实的理论基础。以后的理学家言性命必上溯天道，言天道必落实于性命，而以诚这个范時作为沟通天道与性命的中心环节。
