孔疏关于《周易》原理“易理备包有无”和道器问题的辩论，在易学史上和哲学史上都有重要的意义。
孔疏提出“易理各包有无”，把“无”作为易理的内容之一，一方面是继承王弼的说法，另一方面也是继承《易纬》,特别是郑玄注的说法，但对“无”做了新的理解。孔疏以道体器用解释有和无，也是一种新的论点。按王弼玄学未以体用范畴解释易理，孔疏以道体为无，器用为有，多半是受了佛学的体用观的影响。关于道和器的关系，孔疏解《系辞》文“形而上者谓之道，形而下者谓之器”说：
道是无体之名，形是有质之称。几有从无而生，形由道而立。足先道而后形，是道在形之上，形在道之下。故自形外巴上者谓文道也，自形内而下者谓之器地。形虽处道器两畔之际，形在器不在道也。既有形质，可以为器用，故云形而下者谓之器也。
此是说，所谓“形而上”，是说，“自形外已上者”，即无形之谓，凡无形的东西都可以叫作道，此即〝形而上者谓之道”。所谓“形而下"，是说,“自形内而下者”，即有形之谓，凡有形的东西都可称之为器，此即”形而下者谓之器”。此说同韩伯注不尽同。韩注本王弼义，以“寂然无体，不可为象”解释“道”，“道“乃虚无实体。
而孔疏将“道”解释为无形的东西。按下文所说〝既有形质,可以为器用”向，所谓无形,包括尚未成形，所以凡未具备形质的东西都可称为道。按此说法，阴阳二气及其变化的法则没有表现为刚系防画，成为八卦爻象,亦可称之为道。此即《序》中所说“以气言之，存乎阴阳;以质言之，存乎爻象”。“质”，即形质,指有形而言，同“气”相对，“气”指无形的道。孔疏将气纳入形而上的领域，使同韩注区别开来。在韩伯看来，气无形而有象，称之为“气象”，属于有的领城，是虚无实体派生的东西，不能称之为“道”。
可以看出，孔疏的道器观是对王弼派的一种改造。关于道和器的关系，孔疏同王弼派一样，区别形而上和形而下，认为形而上的道先于形而下的器而存在，所谓“先道而后形〞，器依赖于道，有道方有器，所谓“凡有从无而生，形由道而立’。但他以道为体，以器为用，认为体用是相联系的，不能脱离器用，孤立地讲道。其解《系辞》文“举而错之天下之民谓之事业‘说：“谓举此理以为变化而置于天下之民，凡民得以营为事业，故云谓之事业也。”又说：“作易者本以立教故也。非是空谈易道，不关人事也。”此是说，讲易道和易理，不能停留在“无”即形而上的领城，要效法阴阳之道，教化天下人，得以经营事业，即《序》中所说“有而教有”，否则便成为崇尚玄虚的空谈了。
孔疏关于“易理备包有无”和道器问题的辩论，在易学史上和哲学史上都有重要的意义。就易学说，孔疏认为，卦画和卦爻象属于形而下的领域，但来于形而上的道，即阴阳二气及其变化的法则，所谓“变化运行，在阴阳二气。故圣人初画八卦，设刚柔两画，象二气也”。这种观点，就气和象的关系说，认为有气则有象，并借玄学派有生于无的命题，论证阴阳之气乃《周易》的根本原理，这是对汉易的阐发，对宋明时期易学中的气学派产生了重要的影响。孔疏提出“易象唯在于有’,一方面肯定了取象说，一方面强调《周易》的作用在于“垂教”，解决人类生活中的实际问题，认为不能借《周易》玄谈义理，这对宋易的形成也产生了一定影响。
就哲学说,孔疏通过对《周易》原理的解释，提出了以气为核心的世界观，认为气无形质，但为一切有形事物的本原。朱明时期的唯物论，正是发展了孔疏的阴阳二气说，抛齐其有生于无的形式，建立起自己的哲学体系。孔疏提出的道体器用说，在唐宋易学哲学中引起了长期的辩论。一派继承孔疏的说法，以道为体，以器为用;一派则不赞成孔疏说，以器为体，以道为用。一派则区分形而上和形而下,一派则不区分形而上和形而下。他们通过孔疏，进而将道器和体用之争，引向实体和功能、本质和现象、一般和个别问题的论争。
由于主张“易理备包有无”，孔疏在言、象、意问题上，同王弼易学也不尽同。
其解《系辞》文“圣人立象以尽意”一节说：
此一节是夫子还自释圣人之意，有可见之理也。圣人立象以尽意者，虽言不尽意,立象可以尽之也。设卦以尽情伪者，非唯立象以尽圣人之意，又设卦以尽百姓之情伪也。系辞焉以尽其言者,虽书不尽言,系辞可以尽其言也。变而通之以尽利者，变谓化而裁之，通谓推而行之,故能尽物之利也。鼓之舞之以尽神者，此一句总结立象尽意，系辞尽言之美。圣人立象以尽其意,系辞则尽其言，可以说化百姓之心，百姓之心自然乐顺，若鼓舞然，而天下从之,非尽神其孰能与于此，故日鼓之舞之以尽神也。
此段文字的意思是，认为易道深奥，所以书不尽言，言不尽意，这是取王弼义。但另一方面又认为,立象可以尽意，系辞可以尽言，甚至可鼓舞百姓之心以尽其神，这又是对王弼的忘言忘象说的一种否定。其论点是，易理无形，语言虽不能完全表现它，但通过卦爻象可以显示出来。无形的易理同有形的卦象并非截然对立,人们通过卦象可以认识易理，所谓“有可见之理”。正因为如此，圣人立象垂教，“可以说化百姓之心”。此种观点，表现在哲学上,就是承认物象同其本质和规律具有统一性，通过现象可以认识本质，肯定了感性认识的必要性，对魏晋以来的象意之辩和言意之辩做了一次总结。
有和无的范畴，是由老庄哲学提出来的，王弼派用来解释《周易》的原理，以“无”代表易理和世界的基本原理，以“有”代表卦象和物象。孔疏对此加以改造，以阴阳二气及其变化之理无有形体，解释“无”的含义，从而认为〝易理备包有无’，这样，便扬弃了玄学派的理论体系，为宋易的形成提供了思想的基础。
